YAMAHA製ファイアーウォールでL2TPのVPN構築

チャブーンです。

この件ですが、質問者さんの言い分をまとめると、以下のようになっているのかな、と思います。

• L2TP VPN自体は正常に接続している。だからネットワーク内にはアクセスできる。
• ドメインコントローラー自体には、VPNクライアントから直接アクセスできる。

このようなケースでは、次の2点を中心に確認するべきかな、と思います。

• ドメイン認証が保証された環境なのかどうか
  Active Directoryドメイン認証には、(ドメインコントローラーの)SRVレコードの確認が担保される必要があります。質問者さんは「nslookupで保証している」ということですが、nslookupでは「優先DNSサーバー」だけを対象にしており、「代替DNSサーバー」の存在は無視されます。実際には、代替DNSサーバーに非ADDNSサーバー(ISP・社用DNS等)が指定されている場合、こちらの内容が優先され、突然認証ができなくなる、ケースが非常に多いです。以下の過去ログで答えていますので、どういうことなのか、については、参考にしてください。
  https://learn.microsoft.com/ja-jp/archive/msdn-technet-forums/6809f680-28c2-4ff1-93cd-0b6db60e4828
• 社内ネットワークのルーティングはどうなっているのか
  VPNで社内ネットワークに入った場合、VPNサーバーに(DMZ的な)サブネットが存在し、そこにクライアントが配置されるケースがあります。この場合、社内ネットワークには、VPNサーバーのサブネット→社内ネットワーク、へのルーティングが必要です。社内ネットワーク側でも「VPNサーバーへのサブネット」への戻りルーティング設定がないと、戻りません。ルーティングが想定通りに行われているか、をtracertコマンドやpingコマンドで確認し、IP不達なのかどうかを確認する必要があるでしょう。

というような、地道な切り分けがまずは必要かしら、と思われます。